구자현 검찰총장 직무대행이 '윤석열 정권 정치검찰 조작 기소 의혹 사건 진상규명 국정조사'와 관련하여 국정조사 과정에서 관련 사건 수사 등을 담당했던 당시 평검사나 수사관들에 대한 증인 채택을 철회해 달라고 공개적으로 요청했다. 구 대행은 국정조사가 재판에 영향을 미치지 않도록 공정하고 객관적으로 진행해 줄 것을 간곡히 부탁했다. 그는 국정조사 증인으로 채택된 검사들이 극단적인 시도를 했다는 보도를 언급하며 그들의 회복과 안정이 우선되어야 한다고 말했다. 구 대행은 기관보고에서 국정조사가 재판 중인 사건을 대상으로 하는 것에 대한 우려를 표명하며, 법과 원칙에 따라 실무를 담당한 검사들의 증언을 필요 최소한으로 해달라고 요청한 바 있다고 밝혔다. 그러나 이후 국정조사 과정에서 다수의 담당 검사와 수사관들이 증언대에 서게 되었고 모욕적인 말을 듣거나 답변 기회를 제대로 얻지 못하는 상황이 발생했다고 진술했다. 이에 구 대행은 검찰 사무를 총괄하는 자신과 각 검찰청 기관장들은 국정조사에 충실히 임하겠으나, 평검사 등에 대한 증인 철회를 요청하며, 소환이 필요한 경우에도 재판에 미치는 영향을 고려하여 신중하고 절제된 방식으로 진행해 달라고 거듭 당부했다. 더불어민주당은 해당 국정조사 과정에서 일선 현장에서 수사나 업무를 담당하는 수사관이나 검사들이 증언석에서 진술하는 부분에 대해 감안해 달라고 요청했다.